گمرک بوشهر از مهم‌ترین و ویژه‌ترین بنادر ایران است که بسیاری از امور گمرکی در آنجا انجام می‌شود. مزایای بیشمار این گمرک، سبب جذب بازرگانان و تاجران داخلی و خارجی برای ترخیص کالا از گمرک بوشهر گردیده است.